Man

Karin Rothkegel Agurto

Investigadora Postdoctoral

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


My principal focus is to understand plant responses to environmental conditions through epigenetic modifications and changes in gene expression using genomic and molecular approaches.

Educación

  •  Doctorado en Biotecnología, UNIVERSIDAD ANDRES BELLO. Chile, 2020
  •  Magíster en Biotecnología, UNIVERSIDAD ANDRES BELLO. Chile, 2014
  •  Ingeniería en Biotecnología, UNIVERSIDAD ANDRES BELLO. Chile, 2014

Experiencia Profesional

  •   Asistente de Investigación Full Time

    Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2014 - 2016

  •   Lab manager Full Time

    Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2014 - 2016

  •   Tesista de Magister Full Time

    Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2013 - 2014

  •   Estudiante de Doctorado Full Time

    Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2016 - 2020

  •   Asistente de Investigación Full Time

    Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    2020 - 2021

  •   Investigadora Postdoctoral Full Time

    Pontificia Universidad Católica de Chile

    Santiago, Chile

    2021 - A la fecha

Formación de Capital Humano


- Co-tutoría de Alonso Espinoza en tesis de Magíster en Biotecnología titulada "Identificación de regiones diferencialmente metiladas en el genoma de Prunus persica asociadas a harinosidad del fruto después de almacenamiento en frío". Año 2020.

- Co-tutoría de Paula Sandoval en tesis de Magíster en Biotecnología y Ciencias de la Vida titulada "Identificación de genes asociados a la detección de frío y tolerancia a bajas temperaturas durante la acumulación de horas frío en Prunus avium var ‘Kordia’ a partir de datos de RNA-seq y MethyIC-seq". Año 2021.


Difusión y Transferencia


CONGRESOS NACIONALES

- Rothkegel, K., Bravo, S., Prieto, H., and Almeida, A.M. (2013). Determination of DNA methylation kinetic in the promoter region of dormancy associated mads-box gene (DAM6) in peach (prunus persica) and sweet cherry (prunus avium) during bud dormancy release. Poster, VIII Reunión de Biología Vegetal, Pucón, Chile.

- Rothkegel, K., Bravo, S., Prieto, H., and Almeida, A.M. (2014). Determination of the DNA methylation and expression kinetic of DORMANCY ASSOCIATED MADS-box (DAM) genes in sweet cherry (Prunus avium) during bud dormancy release. Oral presentation, IX Reunión de Biología Vegetal, La Serena, Chile.

- Rothkegel, K., Cáceres, J., Meneses, C., Miyasaka-Almeida, A. (2017). Single-base resolution of the methylome in the high chill requirement variety of sweet cherry (Prunus avium L.) ‘Kordia’ during dormancy. Oral presentation, XII Reunión de Biología Vegetal, Villarrica, Chile.

- Rothkegel, K., Sandoval, P., Soto, E., Cáceres, J., Miyasaka-Almeida, A., Meneses C. (2018). Whole bisulfite genome sequencing of contrasting sweet cherry (Prunus avium L.) varieties during cold accumulation in the dormancy period. Poster, XIII Reunión de Biología Vegetal, Puerto Varas, Chile.

CONGRESOS INTERNACIONALES

- Rothkegel, K., Tapia, S., Bravo, S., Prieto, H., and Almeida, A.M. (2014). Determination of DNA methylation and histone modification kinetic in regulatory regions of DORMANCY ASSOCIATED MADS-box gene (DAM6) in sweet cherry (Prunus avium) during bud dormancy release. Poster, 7th International Rosaceae Genomics Conference, Seattle, USA.

- Rothkegel, K., Sanchez, E., Bravo, S., Prieto, H., Miyasaka-Almeida, A. (2016). Small RNA sequencing and DNA methylation analysis in floral bud reveal that RNA directed DNA Methylation (RdDM) participates during cold accumulation and dormancy release in sweet cherry (Prunus avium L.). Oral presentation, 8th International Rosaceae Genomics Conference, Angers, France. Third place in best oral presentation.

- Cáceres-Molina, J., Rothkegel, K., Carrasco-Valenzuela, T., Urra, C., Meneses, C., Prieto, H., Miyasaka-Almeida, A. (2018). Comparative genomics for three sweet cherry varieties. Poster, Plant and Animal Genome XXVI Conference (PAG), San Diego, CA, USA.

- Rothkegel, K., Cáceres, J., Carrasco-Valenzuela, Tomás., Meneses, C., Miyasaka-Almeida, A. (2018). Single-base resolution methylome of floral bud in sweet cherry (Prunus avium L.) varieties during cold accumulation in the dormancy period. Oral presentation, Plant and Animal Genome XXVI Conference (PAG), San Diego, CA, USA.

- Rothkegel, K., Sandoval, P., Soto, E., Cáceres-Molina, J., Miyasaka-Almeida, A., Meneses, C. (2019). Whole bisulfite genome sequencing of contrasting sweet cherry (Prunus avium L.) varieties during cold accumulation in the dormancy period. Poster, Plant and Animal Genome XXVII Conference (PAG), San Diego, CA, USA.

- Rothkegel, K., Sandoval, P., Soto, E., Ulloa, L., Riveros, A., Lillo, V., Cáceres-Molina, J., Almeida, A.M, Meneses, C. (2020). Chilling accumulation modulates the transcriptome and epigenome during bud dormancy in sweet cherry (Prunus avium L.). Oral presentation, 10th International Rosaceae Genomics Conference, Barcelona, Spain.

DIFUSIÓN

Rothkegel, K. (2016). Regulación molecular de la dormancia y floración por señales ambientales en árboles perennes. Presentación a alumnos de Biología, Electivo de Formación Avanzada de Fisiología Molecular de Plantas, BIO391, 01 de Diciembre.


Premios y Distinciones

  •   Mejor presentación oral

    8th International Rosaceae Genomics Conference (RGC8)

    Francia, 2016

    Reconocimiento a presentación oral sobre línea de investigación asociada a tesis de Magíster.

  •   Beca de Doctorado Nacional

    CONICYT

    Chile, 2017

    La beca de Doctorado Nacional de CONICYT/ANID tiene por objeto apoyar financieramente a estudiantes de excelencia para iniciar o continuar estudios destinados a la obtención del grado académico de doctor en programas acreditados.


 

Article (5)

Identification of DNA Methylation and Transcriptomic Profiles Associated With Fruit Mealiness in Prunus persica (L.) Batsch
Dormant but Active: Chilling Accumulation Modulates the Epigenome and Transcriptome ofPrunus aviumDuring Bud Dormancy
Identification of Metabolite and Lipid Profiles in a Segregating Peach Population Associated with Mealiness in Prunus persica (L.) Batsch
De novo assembly of Persea americana cv. 'Hass' transcriptome during fruit development
DNA methylation and small interference RNAs participate in the regulation of MADS-box genes involved in dormancy in sweet cherry (Prunus avium L.)

ConferencePaper (2)

A draft genome of Prunus avium 'Karina' as a tool for genomic studies
Single-base resolution of the methylome in sweet cherry (Prunus avium L.) during dormancy

Proyecto (4)

Epigenetic control of maturity date in Prunus persica by integrating transcriptomic and epigenomic approaches
Nitrate Regulatory Networks Controlling Early Post-Embryonic Plant Growth
Generación de marcadores moleculares asociados a requerimiento de frío y fecha de floración en cerezos
Desarrollo y aplicación de técnicas de ingeniería genética para potenciar el fitomejoramiento genético del cerezo
9
Karin Rothkegel

Investigadora Postdoctoral

Facultad Ciencias Biológicas

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

5
Claudio Meneses

Profesor Asociado

Facultad de Agronomía e Ingeniería Forestal/ Facultad de Ciencias Biológicas

Pontificia Universidad Católica de Chile

Santiago, Chile

4
Andrea Miyasaka

Profesor Asociado

Facultad de Ciencias

Universidad Mayor

Huechuraba, Chile

3
Reinaldo Campos

Titular Professor

Producción Agrícola

Universidad de Chile

Santiago, Chile

2
Romina Pedreschi

Full Professor

Faculty of Agronomic and Food Sciences

Pontificia Universidad Católica de Valparaiso

Quillota, Chile

1
Humberto Prieto

Investigador

Instituto Investigaciones Agropecuarias

Santiago, Chile

1
Soraya Bravo

Independiente

Independiente

Concepción, Chile

1
Macarena Greve

Gestora Tecnológica

Vicerrectoría de Investigación y Doctorado

Universidad Andrés Bello

Santiago, Chile